Người Mỹ lo sợ trước sự bành trướng của Liên Xô theo chủ nghĩa Stalin nhưng đối với một quốc gia châu Mỹ Latin công khai liên minh với Liên Xô được xem là không thể chấp nhận được đối với Mỹ khi Liên Xô và Mỹ trở thành kẻ thù từ khi kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai vào năm 1945. Một sự liên hệ như thế cũng sẽ thách thức trực tiếp đến Học thuyết Monroe, một chính sách của Hoa Kỳ với lập trường cho rằng các cường quốc châu Âu không được can thiệp vào các quốc gia nằm trong Tây Bán cầu.

Hoa Kỳ bị mất mặt công khai sau vụ người Cuba lưu vong tiến hành xâm nhập Cuba thất bại vào tháng 4 năm 1961. Vụ xâm nhập của những người Cuba lưu vong này đã được Cục Tình báo Trung ương Hoa Kỳ dưới quyền của Tổng thống John F. Kennedy hỗ trợ. Sau vụ đó, cựu Tổng thống Eisenhower có bảo với Kennedy rằng "Sự thất bại của Sự kiện Vịnh Con Lợn sẽ khuyến khích người Xô Viết làm thêm cái gì đó mà chắc chắn họ sẽ không làm nếu như vụ đó không xảy ra."[3]:10 Cuộc xâm nhập Cuba chỉ được Hoa Kỳ hỗ trợ nửa chừng nên đã để cho nhà lãnh đạo Xô Viết, Nikita Khrushchev và các cố vấn của ông tin tưởng rằng Kennedy là người hay lưỡng lự như một cố vấn Xô Viết có viết rằng "quá trẻ, thông minh, chưa chuẩn bị tốt để tạo quyết định trong các tình huống khủng hoảng... quá thông minh và quá yếu đuối."[3] Các hoạt động bí mật của Hoa Kỳ tiếp tục năm 1961 với Chiến dịch Mongoose không thành công.[4] Tháng 2 năm 1962, Hoa Kỳ công khai mở cấm vận kinh tế chống Cuba.[5]

Hoa Kỳ lại xem xét đến hành động bí mật và bắt đầu cài các sĩ quan bán quân sự của CIA từ Phân bộ Hoạt động Đặc biệt vào Cuba.[6] Tướng không quân Curtis LeMay đệ trình một kế hoạch ném bom trước khi xâm nhập lên cho Tổng thống Kennedy vào tháng 9 trong khi đó các chuyến bay gián điệp và sự gây hấn quân sự nhỏ của các lực lượng Hoa Kỳ trên Căn cứ Hải quân Vịnh Guantanamo là đề tài phản đối ngoại giao liên tục của Cuba chống chính phủ Hoa Kỳ.

Đầu tháng 8 năm 1962, Hoa Kỳ nghi ngờ người Xô Viết đang xây dựng các cơ sở tên lửa tại Cuba. Trong suốt tháng đó, các cơ quan tình báo của họ thu thập thông tin về việc các nhân viên quan sát mặt đất phát hiện ra các chiến đấu cơ MiG-21 và các oanh tạc cơ hạng nhẹ Il-28 do Nga chế tạo. Các phi cơ do thám U-2 tìm thấy các nơi đặt tên lửa đất đối không S-75 Dvina (NATO đặt tên là SA-2) tại 8 vị trí khác nhau. Ngày 31 tháng 8, Thượng nghị sĩ Kenneth B. Keating, có lẽ nhận được thông tin từ những người Cuba lưu vong ở Florida,[7] cảnh báo trong phòng họp Thượng viện Hoa Kỳ rằng Liên Xô có thể đang xây dựng một căn cứ tên lửa tại Cuba.[8] Giám đốc CIA John A. McCone trở nên nghi ngờ hơn vì có nhiều báo cáo như thế. Ngày 10 tháng 8, ông viết một bản ghi nhớ gởi đến Tổng thống Kennedy trong đó ông đoán rằng người Xô Viết đang chuẩn bị đưa tên lửa đạn đạo vào Cuba.[7]